El municipio de Güeñes o "Concejo de Güeñes", se encuentra situado en la zona oriental de la comarca de Las Encartaciones, dentro del valle del Cadagua.
Se localiza en una zona fuertemente accidentada, atravesada de SE aNW por las estructuras del denominado "Anticlinal de Vizcaya", en su flanco Sur. La alternancia de areniscas, calizas y materiales margosos y su distinta resistencia ante la erosión ha dado origen a un paisaje caracterizado por la presencia de un estrecho valle, recorrido por el Cadagua, que atraviesa las estructuras y , a ambos lados, fuertes laderas que apenas dejan espacios donde asentar la población y las instalaciones industriales. Las principales cumbres, sobre la orilla derecha son: Ganekogorta (999 m.), Aguilatos (662 m.), Gallarraga (862 m.), Paguero (789 m.), Congueda (682 m.), Crucijadas (224 m.), Pico Laguna (563 m.). Sobre la orilla izquierda destacan las cimas de La Cruz (631 m.), Pico Ubieta (637 m.), Ategui o Enmedio (537 m.), Lujar (541 m.) y Eretza (871 m.).
El río Cadagua, aparte de ser el más importante de las encartaciones, constituye la vía narural de comunicación en la zona oriental de la misma, formando hoy día un continuo en el que alternan industris y núcleos urbanos. A su paso por al concejo de Güeñes, recibe por su izquierda, a los arroyos de Agua Fría, Markoleta, Grazal, Urrarán, Recorquilo y Norza, entre otros. Por la derecha recibe al Zartuña y Nocedal.